تتصف صحراء مصر الشرقية بتضرسها الشديد والمعقد ، فملامحها العامة عبارة عن كتلة صخرية شديدة الصلابة ، مقطعة بالعديد من الأودية الجافة ؛ منها التي تصب في البحر الأحمر شرقاً ؛ وهي عبارة عن أودية صغيرة المساحة شديدة الإنحدار ، وأخري تتجه صوب نهر النيل غرباً، وهي عبارة عن أودية كبيرة المساحة هينة الانحدار، ومن أبرزها وادي قنا أطول أودية الصحراء الشرقية ؛ حيث تبدأ منابعه شمالا من جبل النهيدات السود علي ارتفاع 816 متر ، وجبل سمر العبد علي ارتفاع 700 متر، ويتبعه عده روافد ثم يتجه جنوبا ليخترق منطقة شديدة التضريس ، وينتهي بالقرب من مدينة قنا عند خط كنتور 100 متر، بطول يبلغ 400كم ، ويأتي بعدة من حيث الأهمية وادي الأسيوطي الذي ينتهي عند مدينة أسيوط ، ووادي كوم أمبو الذي ينتهي إلي شمال من مدينة أسوان بروافده العريضة ، ووادي حوضين الذي يصب عند شلاتين.

 ويختلف اتساع السهول الفيضية لتلك الأودية وفقاً لانحدار السطح ؛ وتتصف بطون هذه الأودية بكونها مخزناً للمياه الجوفية ، وتركز العديد من القري ومئات الأفدنة الصالحة للزراعة ، اذ تتراوح مناسيبها ما بين 200 – 500 متر. وتتعدد القمم الجبلية في المنطقة والتي من أهمها جبل كطار علي ارتفاع 1963 متر.